Berdirinya MA Nawa Kartika adalah karena dorongan dari rasa kepedulian Pengasuh Pondok Pesantren Manba'ul Hikmah Wonogiri terhadap dunia pendidikan. Pondok Pesantren tersebut telah berdiri lama sebelumnya di tahun 1994 yang bertempat di tengah masyarakat. Disamping tujuan utama adalah bersinergi dengan pondok pesantren dalam hal membimbing anak agar menguasai Al-Qur'an dan ilmu agama, namun berbagai macam cara ditempuh oleh para pendidik MA Nawa Kartika untuk berupaya mengantarkan anak agar mampu bersaing dibidang ilmu umum sebagaimana SMA atau Madrasah Aliyah. MA Nawa Kartika menerima izin operasional pada tanggal 14 Mei 2020 berdasarkan Keputusan Kepala Kantor Kementerian Agama Wilayah Jawa Tengah nomor 1403 Tahun 2020 di Semarang.
Adapun Visi dan Misi dari MA Nawa Kartika adalah sebagai berikut :
"TERWUJUDNYA GENERASI QUR'ANI YANG BERIMAN DAN BERTAQWA, CERDAS, TERAMPIL, MANDIRI, SOPAN SANTUN DALAM BERTINDAK DAN BERPERILAKU, SERTA BERWAWASAN LINGKUNGAN"
1. Menanamkan nilai-nilai Al-Qur'an dalam setiap kegiatan yang ada di lingkungan Madrasah
2. Mempersiapkan tenaga pendidik yang profesional, kompetitif dan inovatif
3. Memberikan bimbingan, motivasi, serta pemanfaatan sarana prasarana yang tersedia untuk mengoptimalkan potensi peserta didik
4. Memberikan kegiatan maupun bimbingan yang berbasis kemandiriian
5. Menciptakan budaya senyum, salam dan sapa di setiap kegiatan pada warga Madrasah
6. Mengajak peserta didik untuk ikut berperan aktif serta berfikir kritis dalam organisasi maupun kegiatan kesiswaan berbasis lingkungan.